Nos tempos primórdios da colonização e antes da criação desta freguesia, os terrenos que atualmente fazem parte desta pertenciam à paróquia da Sé.
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Depois passaram a fazer parte da de São Pedro, donde se desmembraram no ano de 1579.As terras circunvizinhas do primeiro núcleo de população que se formou no Funchal foram sujeitas a uma imediata exploração agrícola, tendo-se organizado diversas fazendas povoadas com as suas capelas primitivas, que deram inicio às novas e futuras paróquias.Assim sucedeu em São Martinho.

Havia uma fazenda e uma capela com este nome, pertencentes a Afonso Anes, sendo nela que se estabeleceu a sede da paróquia, criada pelo alvará régio de 3 de Março de 1579. Mais tarde, foi erguida a nova igreja sendo, no século XIX, iniciado a sua construção.

​O Código Administrativo aprovado em 1878 ficou definitivamente estabelecido a existência de uma estrutura de poder abaixo do município, fazendo-a coincidir com a área da circunscrição religiosa, daí ficar conhecida como paróquia civil. Com a lei nº. 621 de 23 de Junho de 1916 passou a designar-se de freguesia.

A freguesia, tal como hoje a conhecemos, uma vez que se consolidou a designação de paróquia para a estrutura religiosa, surge apenas com a nomenclatura actual em 1878. Perante a situação não é fácil encontrar uma data individualizada para a evocação de cada uma das freguesias, que surgiram como resultado da reforma administrativa de 1878.

São Martinho, freguesia que pertencente ao concelho do Funchal, com área de setecentos e oitenta e dois hectares, é composta pelos sítios de Ajuda, Areeiro, Igreja, Nazaré, Pico de São Martinho, Piornais, Quebradas, Virtudes, Amparo, Casa Branca, Lombada, Pico do Funcho, Pilar, Poço Barral, Vargem e Vitória.