A fundação da Misericórdia de Moura remonta ao ano de 1504, sendo uma das trinta primeiras misericórdias a surgirem no nosso país, conforme atesta a obra Portugaliae Monumenta Misericordiarum .

Segundo refere o Pe. Luiz de Almeida Cabral, “inicialmente não tinham igreja própria, nem compromisso, mas quando se congregavam as pessoas que a serviam era na igreja de S. Tiago do Castelo, até ao tempo do Cardeal Rei D. Henrique, por cuja autoridade se fez de esmolas a igreja nova e se erigiu altar no ano de 1579 e ele fez devoção dos ornamentos da Igreja de S. Tiago.

A Capela-mor deram o padroado a Ana Gomes Ravasco e depois a Velasco, morador em Freixenal (Espanha), em tempo de paz teria de renda 2.000 cruzados, que bem administrados como se costuma, abrigam aos necessitados e cura de enfermos” .

Vários foram os privilégios reais concedidos à Misericórdia mourense ao longo dos séculos, nomeadamente:

No ano de 1514, D. Manuel concedeu ao provedor, mordomos e irmãos da confraria de Nossa Senhora da Misericórdia da vila de Moura o privilégio de serem escusados e relevado dos encargos do concelho, tendo em conta o muito trabalho despendido ao serviço da confraria .

Em 1518 , este mesmo monarca concede o privilégio no qual “os 13 irmãos oficiais da Misericórdia foram formalmente autorizados a circular armados de noite, desde que andassem em serviço da confraria. No caso de Moura, queixavam-se os irmãos que, tendo acorrido ao chamamento para enterrar um pobre, tinham acabado a função depois do sino do correr tangido, pelo que as suas espadas tinham sido apreendidas pelo alcaide e um seu ajudante, sendo-lhes posteriormente atribuída uma multa em julgamento. O rei, ao corrente do sucedido, censurava o alcaide e o seu ajudante por «estorvarem» o serviço de Deus no cumprimento das obras de misericórdia, em vez de ajudar como deviam”

No ano de 1532, D. João III confirma vários privilégios dados por D. Manuel à Misericórdia da vila de Moura, nomeadamente:

A esmola de oito arrobas de açúcar por ano ; para que os seus oficiais possam andar de noite quando em serviço ; para que os seus presos pobres não sejam detidos na cadeia por custas e para que as penas a aplicar ao hospital de Beja sejam atribuídas ao de Moura .

No ano de 1592, D. Filipe I concede alvará para a Misericórdia de Moura ter os mesmos privilégios que a de Lisboa . No ano de 1627, D. Filipe III confirma alvará de compromisso à Misericórdia de Moura . Ainda no mesmo ano concede alvará para lhe darem carne para consumo dos doentes e em 1637 concede alvará à Câmara de Moura para que possam erigir Misericórdia nas aldeias de Safara e Santo Aleixo .

No Ano de 1723, D. João V concede ao provedor e irmãos da Misericórdia da vila de Moura uma provisão para a nomeação de um tabelião certo para lhes fazer as escrituras e os negócios .

No ano de 1771, a Misericórdia de Moura pede ao rei a extinção de uma capela instituída por Manuel Martins Simões, de acordo com a nova lei . Em 1795 os irmãos da Misericórdia de Moura pedem à rainha que a informação que devia ser feita ao corregedor da comarca de Beja, fosse feita ao de Setúbal ou outro, porque o primeiro estava muito ocupado . Ainda no mesmo ano pedem à rainha que a informação que devia ser feita ao corregedor da comarca de Beja, fosse feita ao de Setúbal ou outro, porque o primeiro estava doente . No ano de 1800, pedem à rainha a extinção de uma capela que instituiu Rui Lourenço da Silveira .

A igreja da Misericórdia, datada do séc. XVI, constitui um típico exemplo da arquitectura do “estilo chão”. Edificada no centro histórico da cidade, confronta a Noroeste com a Praça Sacadura Cabral, a Nordeste com o Largo da Igreja matriz de S. João Baptista, a Sueste com a Travessa da Misericórdia, a Sudoeste com diversas habitações de particulares e a Sul com a Rua Associação de Socorros Mútuos Santana e Costa. O templo de uma só nave, bastante alta, é coberto por uma abobada de berço e o Altar-Mor, hoje palco, apresenta o mesmo tipo de cobertura da igreja. Próximo deste situa-se uma ampla sala, antiga sacristia, também ela abobadada, com um nicho (actualmente aberto e que permite a circulação entre esta sala e os camarins), encimado com um brasão e as paredes do nicho apresentavam pinturas murais (presentemente cobertas de tinta).

A fachada do edifício tem uma porta principal e de cada um dos lados desta, existe uma pequena porta ornada com uma esfera armilar (?).

O motivo pelo qual a Igreja da Misericórdia passou a teatro ficou a dever-se à iniciativa de “alguns cavalheiros desta terra em fazer prosperar os intereçes deste estabelecimento”, pelo que pediram autorização para poderem efectuar as obras necessárias, comprometendo-se a entregá-lo à Stª Casa da Misericórdia logo após a conclusão das mesmas. A Mesa, em reunião realizada no dia 30 de Novembro de 1894, reconhecendo que esta obra poderia trazer benefícios à Instituição, aprovou por unanimidade esta proposta, nomeando para o efeito uma Comissão. Pertença da Stª Casa da Misericórdia de Moura, o Cine-Teatro Caridade encontra-se arrendado à edilidade Mourense pelo período de 25 anos.

No dia 2 de Março de 1979 teve lugar uma Assembleia-Geral da Stª Casa da Misericórdia, a qual se realizou na sala de reuniões da Caixa de Crédito Agrícola Mutuo de Moura. Nesta foi dado “conhecimento à Assembleia da actual situação da Santa Casa da Misericórdia de Moura e onde foi posta à apreciação e discussão da possível integração de Instituições de Assistência local” , proposta que foi aprovada com uma abstenção.

Procedeu-se em seguida à eleição dos elementos para os corpos gerentes desta Instituição, para o triénio 1979/1982, tendo sido eleito a seguinte Direcção: Provedor, José Joaquim Cardadeiro (que à época era o Presidente da Direcção do Lar de São Francisco); Tesoureiro, Carlos Alberto Costa Plácido; Secretário, José Manuel Garraz; 1º Vogal, Rodrigo José Costa e 2º Vogal, Francisco José Oca.

No seguimento da deliberação atrás referida, reuniu a Assembleia-Geral do Lar de S. Francisco no dia 19 de Abril do mesmo ano, onde foi proposta a sua integração na Stª Casa da Misericórdia de Moura. Foi deliberado por unanimidade que o Lar de S. Francisco fosse integrado na Santa Casa da Misericórdia de Moura, “remetendo-se uma cópia desta acta para a Direcção Distrital de Segurança Social de Beja para efeitos de ser proposta superiormente a integração”.

Através de Despacho Superior da Direcção-Geral da Assistência Social, de 9 de Junho de 1979, publicado na III Série do Diário da República, nº 138, de dia 18/6/79, é autorizada a anexação do Lar de São Francisco, na Santa Casa da Misericórdia, vindo a ficar integrado de direito, com todos os seus bens e valores, passando então a denominar-se por Santa Casa da Misericórdia, Lar de São Francisco.