A primeira assistência médica organizada da ilha Faial terá aparecido na primeira ou segunda década do século XVI com o estabelecimento da Santa Casa da Misericórdia na então Vila da Horta.

Desconhecido o registo documental da abertura do hospital, é suposto ter ocorrido após o ano de 1528, data da abertura ao culto da Igreja da Misericórdia, situada na atual rua D. Pedro IV, seguindo-se nas traseiras desta o edifício do hospital, do lado norte da atual travessa da Misericórdia até à rua Serpa Pinto.

Esta assistência passou por vários locais, como por exemplo o Convento de Santo António dos Capucho, hoje Casa de Infância de Santo António, Convento de São Francisco ou a “Casa da Roda”.

Só no início do século XX é que é lançada a primeira pedra do primeiro hospital de raiz, junto à Torre do Relógio, cuja a inauguração das primeiras enfermarias acontece em 1903.

Posteriormente ainda, mercê da progressiva degradação deste edifício, foi transferido para um bloco anexo, adaptado temporariamente para o efeito, numa área contígua, onde funcionou até 1985.

Entretanto, após a Revolução de 25 de abril de 1974, há a transferência dos hospitais das Misericórdias para o domínio público. A 30 de setembro de 1975 é empossada pelo Governador Civil a primeira Comissão Instaladora do então Hospital Distrital da Horta.

Em 1985 foi inaugurado o atual Hospital e adquiridos novos equipamentos que têm sido modernizados desde então. Foram igualmente feitas obras de remodelação no edifício e novos blocos construídos, o que permite que o Hospital ofereça atualmente uma maior diversidade de especialidades médica e sobretudo melhores condições aos seus utentes.

O hospital tem trabalhado no sentido de conseguir ter uma gestão sustentável quer do ponto de vista dos recursos humanos quer do ponto de vista financeiro, colocando sempre em primeiro lugar os utentes.

Esta unidade de saúde tem prevista uma nova intervenção na sua infraestrutura continuando este caminho de progresso.